Głównymi celami Towarzystwa są:

• promocja etologii oraz innych nauk behawioralnych (w tym neurobiologii, ekologii behawioralnej i socjobiologii) w Polsce
• popularyzacja tych nauk również poza granicami Polski
• reprezentacja opinii polskiego środowiska etologicznego wobec władz lokalnych i międzynarodowych
• współpraca z instytucjami naukowymi i władzami krajowymi, jak również z środowiskiem międzynarodowym (szczególnie z Międzynarodową Radą Etologów).