Pracownia Fizjologii Błony Komórkowej
Kierownik
Elżbieta WYROBA
Zespół
Magdalena OSIŃSKA (PhD student), Kamil KOBYŁECKI
Profil badań
Tematyka badawcza naszej pracowni to molekularne i biochemiczne mechanizmy regulacji endo- i egzocytozy: genomika i proteomika. Komponenty maszynerii zaangażowanej w tworzeniu endosomów/fagosomów, sortowaniu i transporcie pęcherzykowym w modelowym eukarioncie Paramecium są badane na poziomie genu, białka i komórki. W naszej pracowni sklonowaliśmy kilkanaście genów kodujących białka istotne w tych procesach, które wykazują bardzo znaczną homologię do odpowiedników z komórek ssaków. Badania dotyczą analizy funkcjonalnej i strukturalnej produktów tych genów.
Szeroki wachlarz stosowanych metod obejmuje: RT-PCR, PCR czasu rzeczywistego klonowanie i sekwencjonowanie, 2D elektroforezę, spektroskopię masową, analizę hybrydyzacyjną Southern i Northern, znakowanie fluorescencyjne, fluorymetrię, immunolokalizację w mikroskopii konfokalnej i elektronowej oraz analizę Western.
Aktualna działalność badawcza
- analiza funkcjonalna sklonowanych paralogów genów Rab7: badanie ekspresji w trakcie procesów endocytotycznych metodą PCR czasu rzeczywistego, projektowanie przeciwciał antypeptydowych, wewnątrzkomórkowa lokalizacja produktów tych genów przy pomocy immunocytochemii w mikroskopii konfokalnej i elektronowej, spektroskopia masowa, wyciszanie tych genów przy użyciu techniki interferencji RNA,
- poszukiwanie efektorów Rab7 – dowód na ekspresję genu kodującego białko podobne do RILP ( Rab-interacting lysosomal protein) jako pierwszy przykład w jednokomórkowych eukariontach (sekwencja mRNA zdeponowana);
- badania biochemiczne, immunocytochemiczne i ultrastrukturalne nad procesami internalizacji;
- analiza komponent współdziałających z dynaminą i Rab7 na szlaku endosomalno-lizosomalnym;
- identyfikacja domen efektorowych dwóch innych białek Rab1 i Rab11 istotnych w transporcie pęcherzykowym;
- endocytoza receptorowa a pobieranie fazy płynnej;
- identyfikacja białek zaangażowanych w rozpoznanie i fuzję błon w endo- i egzocytozie;
- badania nad ewolucyjną zachowawczością maszynerii sortowania i transportu błon.
Nasza pracownia uczestniczy w promowaniu nauki. Organizowała m.in. całodniowe pokazy “Zobaczyć DNA” w ramach Pikniku Naukowego oraz specjalne sesje otwarte dla publiczności w trakcie Festiwali Nauki. Były one poświęcone omówieniu jak na drodze endocytozy receptorowej dostaje się do komórek LDL i genetycznym zaburzeniom tego procesu prowadzącym do rodzinnej hypercholesterolemii. Ostatnia impreza festiwalowa w 2006 roku była sponsorowana przez Unię Europejską jako “Noc z badaczem” (projekt 044769).
Wybrane publikacje
Bednarek R, Boncela J, Smolarczyk K, Cierniewska-Cieslak A , Wyroba E, Cierniewski CS (2008) KU80 as a novel receptor for thymosin beta4 that mediates its intracellular activity different from G actin sequestering J. Biol. Chem. 283: 1534-44
Wyroba E., Surmacz L., Osinska M., Wiejak J. (2007) Phagosome maturation in unicellular eukaryote Paramecium: the presence of RILP, Rab7 and LAMP-2 homologues. Eur. J. Histochem. 51: 163-172
Wyroba E., Liu L., Satir B.H. (2007) Parafusin: isoforms, number of genes and evolutionary origin. FASEB J. 21: 821.2
Wiejak J., Surmacz L., Wyroba E. (2006) Cloning of two genes encoding Rab7 in Paramecium. Acta Biochim. Polon. 53: 149-56
Boncela J., Smolarczyk K., Wyroba E., Cierniewski C.S. (2006) Binding of PAI-1 to endothelial cells stimulated by thymosin beta 4 and modulation of their fibrinolytic potential. J. Biol. Chem. 281: 1066-1072
Wiejak J., Surmacz L., Wyroba E. (2004) Dynamin-association with agonist-mediated sequestration of beta-adrenergic receptor in single-cell eukaryote Paramecium. J. Exp. Biol. 207: 1625-1632
Lista publikacji: wik.nencki.gov.pl
