Pracownia Bioinformatyki i Biologii Systemowej

Kierownik
Krzysztof PAWŁOWSKI


Zespół

Anna LENART (doktorantka), Teresa SZCZEPIŃSKA (doktorantka)

Profil badań

Przewidywanie struktur i funkcji dla białek ważnych w chorobach ludzkich, zwłaszcza niescharakteryzowanych białek transmembranowych; Analiza danych ekspresji genów metodami biologii systemowej; Analiza ewolucyjna profili ekspresji genów.

Aktualna działalność badawcza

  • Analiza struktur i funkcji oraz historia ewolucyjna CLCA, nowej rodziny enzymów;
  • Analiza struktur i funkcji nowej rodziny prawdopodobnych receptorów transmembranowych;
  • Badanie profili ekspresji genów docelowych dla leków;
  • Nowe metody analizy ścieżek dla danych mikromacierzowych: rozwój metody GSEA (gene set enrichment analysis)

    Wybrane publikacje

    A widespread peroxiredoxin-like domain in tumor suppression- and progression-implicated proteins K. Pawłowski, A. Muszewska, A. Lenart, T. Szczepińska, A. Godzik, M. Grynberg BMC Genomics (2010), 11, 590

    An Approach to Prediction of the Haematopoietic Stem Cell Transplantation Outcome Using Human Leukocyte Antigen Mismatch Information Mapped on Protein Structure Data M.Z. Dudkiewicz, P .Malanowski, J. Czerwiński, K. Pawłowski Biology of Blood and Marrow Transplantation (2009), 15, 1014-1025

    Uncharacterised / hypothetical proteins in biomedical “omics” experiments: is novelty being swept under the carpet? K. Pawłowski Briefings in Functional Genomics and Proteomics (2008), 7, 283-90.

    TNF-α- induced self expression in human lung endothelial cells is inhibited by native and oxidized α1-antitrypsin D. Subramaniyam, R. Virtala, K. Pawłowski, I. Groth Clausen, S. Warkentin, T. Stevens, S. Janciauskiene The International Journal of Biochemistry & Cell Biology (2008), 40, 258-71.

    Expression of genes involved in oxidative stress responses in airway epithelial cells of smokers with chronic obstructive pulmonary disease S. Pierrou, P. Broberg, R.A. O’Donnell, K. Pawłowski, R. Virtala, E. Lindqvist, A. Richter, S.J. Wilson, G. Angco, S. Moller, H. Bergstrand, W. Koopmann, E. Wieslander, P.E. Stromstedt, S.T. Holgate, D.E. Davies, J. Lund, R. Djukanovic American Journal of Respiriratory and Critical Care Medicine (2007), 175, 577-86.

    Novel conserved hydrolase domain in the CLCA family of alleged calcium-activated chloride channels. K. Pawłowski, M. Lepisto, N. Meinander, U. Sivars, M. Varga, E. Wieslander Proteins (2006), 63, 424-439

    Surface map comparison. Studying function diversity of homologous proteins. K. Pawłowski and A. Godzik Journal of Molecular Biology (2001), 309, 793-806

    PAAD – a new protein domain associated with apoptosis, cancer and autoimmune diseases.
    K. Pawłowski, F. Pio, Z.-L. Chu, J.C. Reed and A. Godzik Trends in Biochemical Sciences (2001), 26, 85-87