PRACOWNIA BIOINFORMATYKI

Kierownik: Michał Dąbrowski

 

Stopnie naukowe:

2012 doktor habilitowany biologii, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN

1998 doktor nauk medycznych, Warszawski Uniwersytet Medyczny

1994 lekarz medycyny, Warszawski Uniwersytet Medyczny

 

Szkolenia badawcze:

2014 Science Infrastructure Management Support  (Poland, USA, Germany; IBM, Fraunhofer-Gesellschaft, TUDresden, MPI-CBG)
 

Zatrudnienie:

2014-do dziś kierownik Pracowni Bioinformatyki, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN  

2003-2014 adiunkt,  Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN

2000-2003 postdoc, Katholieke Universiteit Leuven, Belgium

1998-2000 lekarz, Szpital Specjalistyczny w Kościerzynie

 

Nagrody i Stypendia:

2014 Nagroda Wydziału II Nauk Biologicznych i Rolniczych PAN za wybitne osiągnięcia naukowe (dla zespołu kierowanego przez Bożenę Kamińską)

2010 Nagroda im. Jerzego Konorskiego (za artykuł Marta B. Wiśniewska i wsp.)

2004 Marie-Curie European Reintegration Grant

2001 Marie-Curie European Fellowship

Zespół: Aleksandra Cabaj (doktorantka), Agata Charzyńska, Adam Jarmuła, Jan Ludwiczak (doktorant), Shamba Sankar Mondal (doktorant)

 

 

Profil pracowni:

 

Misją pracowni jest zapewnienie wsparcia bioinformatycznego na światowym poziomie dla grup badawczych w Instytucie Nenckiego. Przyjęta strategia polega na skoncentrowaniu się na obszarze bioinformatyki określanym jako Biologia Systemowa oraz na zorientowaniu się na współpracę.

 

Główny obszar naszych zainteresowań to Genomika Regulacji, czyli regulacja transkrypcji w skali całego genomu, na poziomie cis-regulacji, epigenetycznym i strukturalnym.

 

Jako pracownia środowiskowa zapewniamy również wsparcie metod wielkoskalowych (mikromacierze, sekwencjonowanie nowej generacji, spektrometria mas) w szerokim kontekście Biologii Systemowej.

 

Nasz obszar kompetencji obejmuje integrację danych genomicznych, epigenomicznych i ekspresyjnych, za pomocą narzędzi bazodanowych, metod statystycznych i uczenia maszynowego, a także modelowania molekularnego i dynamiki molekularnej; w celu odpowiedzi na pytania natury biologicznej, przede wszystkim w kontekście biologii komórki i neurobiologii. Główną formą naszej działalności są wspólne projekty z grupami doświadczalnymi, w których odpowiadamy za część bioinformatyczną.

 


Bieżąca aktywność badawcza:

 

  • Zastosowanie DNase-seq do identyfikacji czynników transkrypcyjnych uczestniczących w alternatywnej aktywacji mikrogleju w odpowiedzi na czynniki wydzielane przez glejak
  • Mutacje w obszarach regulatorowych genów epigenetycznych w glejakach
  • Mechanizmy molekularne przekazywania kontroli pomiędzy czynnikami HIF w ludzkim śródbłonku
  • Regulacja transkrypcyjna genów z rodziny Grainyhead w komórkach ludzkich w kontekście nowotworów
  • Struktury krystaliczne i dokowanie molekularne - w poszukiwaniu specyficznych dla nicieni inhibitorów syntazy tymidylanowej
  • Ocena wpływu C-końca białka Ncd na ruch i oddziaływanie domen motorycznych i stosu białkowego za pomocą modelowania molekularnego
  • Ocena kompleksu syntaza tymidylanowa-reduktaza dihydrofolianu jako nowego celu dla leków przeciwnowotworowych

 

 

Wybrane publikacje:

 

Nagaraj S., Laskowska-Kaszub K., Dębski K.J., Wojsiat J., Dąbrowski M., Gabryelewicz T., Kuźnicki J., Wojda U. (2017) Profile of 6 microRNA in blood plasma distinguish early stage Alzheimer's disease patients from non-demented subjects. Oncotarget, doi: 10.18632/oncotarget.15109.

 

Ellert-Miklaszewska A., Wiśniewski P., Kijewska M., Gajdanowicz P., Pszczółkowska D., Przanowski P., Dąbrowski M., Maleszewska M., Kamińska B. (2016)  Tumour-processed osteopontin and lactadherin drive the protumorigenic reprogramming of microglia and glioma progression. Oncogene, 35(50): 6366-6377.

 

Bednarczyk J., Dębski K.J., Bot A.M., Łukasiuk K. (2016) MBD3 expression and DNA binding patterns are altered in a rat model of temporal lobe epilepsy. Sci Rep, 6: 33736.

 

Antosiewicz A., Jarmuła A., Przybylska D., Mosieniak G., Szczepanowska J., Kowalkowska A., Rode W., Cieśla J. (2016) Human dihydrofolate reductase and thymidylate synthase form a complex in vitro and co-localize in normal and cancer cells. J Biomol Struct Dyn, 5: 1-17.

 

Dąbrowski M., Dojer N., Krystkowiak I., Kamińska B., Wilczyński B. (2015) Optimally choosing PWM motif databases and sequence scanning approaches based on ChIP-seq data. BMC Bioinformatics, 16: 140.