PRACOWNIA BIOINFORMATYKI

Kierownik: Michał Dąbrowski

 

Stopnie naukowe:

2012 doktor habilitowany biologii, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN

1998 doktor nauk medycznych, Warszawski Uniwersytet Medyczny

1994 lekarz medycyny, Warszawski Uniwersytet Medyczny

 

Szkolenia badawcze:

2014 Science Infrastructure Management Support  (Poland, USA, Germany; IBM, Fraunhofer-Gesellschaft, TUDresden, MPI-CBG)
 

Zatrudnienie:

2014-do dziś kierownik Pracowni Bioinformatyki, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN  

2003-2014 adiunkt,  Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN

2000-2003 postdoc, Katholieke Universiteit Leuven, Belgium

1998-2000 lekarz, Szpital Specjalistyczny w Kościerzynie

 

Nagrody i Stypendia:

2014 Nagroda Wydziału II Nauk Biologicznych i Rolniczych PAN za wybitne osiągnięcia naukowe (dla zespołu kierowanego przez Bożenę Kamińską)

2010 Nagroda im. Jerzego Konorskiego (za artykuł Marta B. Wiśniewska i wsp.)

2004 Marie-Curie European Reintegration Grant

2001 Marie-Curie European Fellowship

Zespół: Aleksandra Cabaj (doktorantka), Agata Charzyńska, Adam Jarmuła, Jan Ludwiczak (doktorant), Michał Miller, Shamba Sankar Mondal (doktorant)

 

 

Profil badawczy:

 

Misją pracowni jest zapewnienie wsparcia bioinformatycznego na światowym poziomie dla grup badawczych w Instytucie Nenckiego. Główną formą naszej działalności są wspólne projekty z grupami doświadczalnymi, w których odpowiadamy za część bioinformatyczną. Nasze własne zainteresowania badawcze obejmują: genomikę regulacji, wnioskowanie statystyczne, systemy dynamiczne oraz dynamikę molekularną białek i kompleksów wielkocząsteczkowych.

Więcej informacji pod tym adresem: http://bioinfo.nencki.gov.pl/

 

Bieżąca aktywność usługowa:

  • Wsparcie metod wielkoskalowych: genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych; przetwarzanie wstępne, analiza statystyczna, funkcjonalna i wizualizacja. Obecnie realizujemy 5 projektów (4 – w oparciu wyniki spektrometrii mas, 1 – w oparciu o dane genomiczne); z obszarów neurobiologii, bioenergetyki i neuroonkologii; we współpracy z 5 grupami badawczymi z Instytutu Nenckiego.
  • Analiza statystyczna i obrazowanie wielowymiarowych danych. Obecnie 4 projekty; jeden we współpracy z Pracownią Neuroplastyczności  – integrujący dane dotyczące białek, mRNA i metabolitów dla kilku struktur mózgu zwierząt w różnym wieku; oraz 3 we współpracy z Pracownią Bioenergetyki i Błon Biologicznych  – łączący dane biochemiczne, mikroskopowe i funkcjonalne.
  • Analiza obszarów regulatorowych i utrzymywanie bazy danych genomicznych Nencki Genomics Database. Obecnie 2 projekty; w kontekście białaczki/raka; we współpracy z Pracownią Cytometrii i Pracownią Przekazywania Sygnału.
  • Symulacje dynamiki molekularnej białek o znanej strukturze 3D: przygotowanie, symulacje i analiza trajektorii. Obecnie 5 projektów; w domenach onkologii i badań miopatii; we współpracy z 4 grupami badawczymi z Instytutu Nenckiego.

 

Bieżąca aktywność badawcza:

 

Całogenomowa analiza otwarości chromatyny w klasycznie i alternatywnie pobudzonym mikrogleju. We współpracy z Pracownią Neurobiologii Molekularnej. Modelowanie dynamiki oddziaływań pomiędzy wybranymi miRNA i czynnikami transkrypcyjnymi w odpowiedzi komórek na stress. We współpracy z Gdańskim Uniwersytetem Medycznym. Identyfikacja bioinformatyczna funkcjonalnych mutacji regulatorowych i ich genów docelowych w raku głowy i szyi. We współpracy z Instytutem Genetyki Człowieka PAN w Poznaniu. Oddziaływania ABeta-42 z małymi peptydami które blokują jego toksyczność. Projektowanie nowych inhibitorów ABeta-42. We współpracy z Pracownią Molekularnych Podstaw Ruchów Komórkowych i  Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute, La Jolla, USA. Mechanizmy generowania ruchu przez motory molekularne. We współpracy z Pracownią Białek Motorycznych. Projektowanie inhibitorów cyklu syntezy tymidylanu oraz ludzkiego kompleksu syntaza tymidylanowa-reduktaza dihydrofolianu. We współpracy z Wydziałem Chemii Politechniki Warszawskiej.

 

Wybrane publikacje:

 

Nagaraj S., Laskowska-Kaszub K., Dębski K.J., Wojsiat J., Dąbrowski M., Gabryelewicz T., Kuźnicki J., Wojda U. (2017) Profile of 6 microRNA in blood plasma distinguish early stage Alzheimer's disease patients from non-demented subjects. Oncotarget, doi:10.18632/oncotarget.15109.

 

Ellert-Miklaszewska A., Wiśniewski P., Kijewska M., Gajdanowicz P., Pszczółkowska D., Przanowski P., Dąbrowski M., Maleszewska M., Kamińska B. (2016) Tumour-processed osteopontin and lactadherin drive the protumorigenic reprogramming of microglia and glioma progression. Oncogene, 35(50): 6366-6377.

 

Bednarczyk J., Dębski K.J., Bot A.M., Łukasiuk K. (2016) MBD3 expression and DNA binding patterns are altered in a rat model of temporal lobe epilepsy. Sci Rep, 6: 33736.

 

Antosiewicz A., Jarmuła A., Przybylska D., Mosieniak G., Szczepanowska J., Kowalkowska A., Rode W., Cieśla J. (2016) Human dihydrofolate reductase and thymidylate synthase form a complex in vitro and co-localize in normal and cancer cells. J Biomol Struct Dyn, 5: 1-17.

 

Dąbrowski M., Dojer N., Krystkowiak I., Kamińska B., Wilczyński B. (2015) Optimally choosing PWM motif databases and sequence scanning approaches based on ChIP-seq data. BMC Bioinformatics, 16: 140.