Pracownia Bioinformatyki

Kierownik: Michał Dąbrowski

 

Zespół: Aleksandra Cabaj, Agata Charzyńska, Konrad Dębski, Shamba Mondal*

*doktorant oddelegowany z Pracowni Neurobiologii Molekularnej

 

 

Profil działalności:

 

Misją pracowni jest zapewnienie wsparcia bioinformatycznego dla grup badawczych w Instytucie Nenckiego. Przyjęta strategia polega na skoncentrowaniu się na obszarze bioinformatyki określanym jako Biologia Systemowa oraz na nastawieniu na realizację projektów we współpracy z innymi zespołami badawczymi.

 

Główny obszar naszych zainteresowań badawczych to Genomika Regulacji – analiza regulacji transkrypcji w skali całego genomu; na poziomie elementów cis-regulatorowych, modyfikacji epigenetycznych i struktury chromatyny.

 

Pracownia Bioinformatyki pełni funkcję środowiskową – zapewnia przetwarzanie wyników technik wielkoskalowych, takich jak: mikromacierze, sekwencjonowanie nowej generacji, spektrometria mas; oraz pomoc w ich interpretacji, poprzez analizę statystyczną i integrację w szerszym kontekście Biologii Systemowej. Nasz obszar kompetencji to przetwarzanie dużych zbiorów danych genomicznych i ekspresyjnych oraz stosowanie narzędzi bazodanowych i metod uczenia maszynowego, w środowiskach języków skryptowych (R, Python, Mathematica, SQL), w celu odpowiedzi na pytania natury biologicznej, przede wszystkim z dziedziny biologii komórki i neurobiologii. Utrzymujemy bazę danych Nencki Genomics Database – zawierającą dane o obszarach i motywach regulatorowych człowieka, myszy i szczura.

 

Bardziej szczegółowa informacja o pracowni jest dostępna pod adresem: http://bioinfo.nencki.gov.pl/

 

Ostatnie publikacje:

 

Miszczuk D, Dębski KJ, Tanila H, Lukasiuk K, Pitkänen A. Traumatic brain injury increases the expression of Nos1, Abeta clearance, and epileptogenesis in APP/PS1 mouse model of Alzheimer's disease. Mol Neurobiol. 2015 Dec 15. PubMed PMID: 26671618.

 

Kuzniewska B, Nader K, Dabrowski M, Kaczmarek L, Kalita K. Adult Deletion of SRF Increases Epileptogenesis and Decreases Activity-Induced Gene Expression. Mol Neurobiol. 2015 Jan 31. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 25636686.

 

Nagalski A, Puelles L, Dabrowski M, Wegierski T, Kuznicki J, Wisniewska MB. Molecular anatomy of the thalamic complex and the underlying transcription factors. Brain Struct Funct. 2015 May 12. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 25963709.

 

Dabrowski M, Dojer N, Krystkowiak I, Kaminska B, Wilczynski B. Optimally choosing PWM motif databases and sequence scanning approaches based on ChIP-seq data. BMC Bioinformatics. 2015 May 1;16:140. doi: 10.1186/s12859-015-0573-5. PubMed PMID: 25927199; PubMed Central PMCID: PMC4436866.

 

Wei Y, Mondal SS, Mouawad R, Wilczyński B, Henry RW, Arnosti DN. Genome-Wide Analysis of Drosophila RBf2 Protein Highlights the Diversity of RB Family Targets and Possible Role in Regulation of Ribosome Biosynthesis. G3 (Bethesda). 2015 May 20;5(7):1503-15. doi: 10.1534/g3.115.019166. PubMed PMID: 25999584; PubMed Central PMCID: PMC4502384.

 

Dabrowski M, Dojer N, Zawadzka M, Mieczkowski J, Kaminska B. Comparative analysis of cis-regulation following stroke and seizures in subspaces of conserved eigensystems. BMC Syst Biol. 2010 Jun 17;4:86. doi: 10.1186/1752-0509-4-86. PubMed PMID: 20565733; PubMed Central PMCID: PMC2902439.